Undersøkelsen kan foregå i våken tilstand eller når du sover. Vanligvis er man våken og sitter i en undersøkelses stol. Du får litt lokal bedøvelse i nesen og i svelget, som kan smake vondt, men som ikke er smertefull. Deretter går man inn i nesen med et tynt fiberskop (tynt rør 3mm i diameter), videre bak i svelget og ned til strupen. Eller man går inn gjennom munnen med et større rør, samtidig som man drar forsiktig i tungen, slik at man kan se bak i svelget og ned i strupen.
Undersøkelsen er vanligvis ikke vond. Bedøvelsen kan ha litt ubehagelig smak og noen kan brekke seg når skopet (røret) kommer bak i halsen.
Dersom man er våken varer ofte undersøkelsen i cirka 5 minutter. Dersom man skal sove (narkose) tar undersøkelsen cirka 30 minutter.